中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构，中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。

　　研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊科学研究、湖泊资源合理利用、湖泊环境治理与生态保护以及区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。研究所将努力建设成为国际一流的湖泊科学基础研究和高层次人才培养基地、国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心、经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。